康有为离开京师后，强学会的主要领导人为帝党人物陈炽。但过了不久，强学会却变成了以陈炽、丁立钧、张孝谦、沈曾植四人为总董，而以张“主其事”的格局。张孝谦为人“故反覆”，做事也不太有“经纬”，他只是凭借与李鸿藻的特殊关系，以李为靠山，便“意见重，气焰大”，“以局为其局”，将强学会看做自家的私有财产和自己的政治资本，联合丁立钧排斥陈炽、沈曾植等人。强学会的其他政治势力与人物由于幻想借重李鸿藻的政治势力以谋发展，故而对张孝谦的专横过于迁就退让，终于使强学会的领导权旁落，组织涣散，差不多达到不战而败的结局。
强学会的内部人事格局决定它不可能长久存在，而其外部环境也使得强学会很难获得新的进展。强学会的创办本为后党所不容，后党中的重要人物李鸿章在强学会成立之初曾向强学会的负责人表示有化解隔阂的愿望与诚意，并答应向强学会捐款。但是，强学会的负责人没有真正理解李鸿章的意图，反而因李鸿章刚刚签定过丧权辱国的《马关条约》为由拒绝了李鸿章的捐款。这样，双方的矛盾与隔阂越来越深。原本可以支持改革的李鸿章对强学会诸人的好感至此荡然无存，他在奉命出使俄国前曾扬言：“若辈与我过不去，我归，看他们尚做得成官吗？”这虽然有点“小说家言”的味道，但确实反映了李鸿章此时的心态。于是乘李鸿藻“赴陵差”的机会，“欲借此以兴大狱”，指使其儿女亲家、御史杨崇伊于1896年1月20日上折弹劾强学会“私立会党”、“植党营私”，请求清政府下令查封。