借着这次修改各省军政长官的名称，段祺瑞想要逐渐瓦解掉广东省内的护国军力量。段祺瑞把李烈钧调到北京，是调虎离山之计。而调陆荣廷为广东督军，又暂署理湖南督军，这是缓兵之计，将桂军调入广东，但桂军与粤军并不像李烈钧对龙济光那么激烈，而将陆荣廷暂时调往湖南，可以延缓他进入广东，虽然龙济光名为两广矿物督办，但暂时却可以继续拥有广东督军的实权。这个任命一下达，就遭到了以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表的反对，纷纷致电要求罢免龙济光，但段祺瑞借口“粤事真相不明”，加派汤芗铭为广东查办使，并派萨镇冰出任粤闽巡阅使向李烈钧等施压。
三、府院之争：以退为进黎元洪就范
在从副总统被扶正以后，最初的一段时间内，黎元洪像辛亥年的时候一样，乐意当段祺瑞面前的幌子。可时间长了，情况就变了，此时的黎元洪已经不是辛亥年那么颤颤巍巍的“黎菩萨”，从辛亥革命一路走来，在政坛上摸爬滚打多年，他已不再甘愿总是当他人的傀儡。段祺瑞在北京刚刚掌权时，南方的形势依然不够明朗，虽然在北京独揽大权，但是在广东和湖南却接连碰了钉子。段祺瑞碰钉子，对黎元洪来说却是好事，于是他开始尝试着用南方势力压制段祺瑞，从而提升总统的权力，但“远水解不了近渴”，反而加深了他与段祺瑞之间的矛盾。