围绕“童心说”这个核心，李贽的学术思想也以重自我、真诚为前提。他谈人论事不以先圣先贤的是非为是非，而以自我真实感受与事物客观情势为依据，作出自我的判断。李贽对孔子的圣人形象提出异议，认为孔子本人从未教人学自己，奉孔子为万世师表实为后人盲目崇拜，孔子是人而非神，现应恢复其人的本来面目。在此基础上，李贽对儒家经典的神圣性提出质疑。他大胆地指出，这些经典“大半非圣人之言”，不是为“万世之至论”，《六经》、《语》、《孟》，乃“道学之口实，假人渊薮也”。是非标准是有时代性的，如果尽奉儒家经典为标准，必然会颠倒是非，丧失真心，堕于虚伪。李贽否认儒家经典的神圣性，亦即否定了统治者的政治及道德价值体系的权威，体现了摆脱传统束缚的自由思维倾向。
李贽还反对独尊儒学、主张学术平等，认为百家之学各有所长，不应一概否定。由此观点出发，他认为评论历史不能固守一定的模式，尤其不能以圣贤之论为是非标准，治史者应发现历史发展之客观情势，据事直书，力求真实。为了打破历代俗儒的定见，他撰写《藏书》对历史上的人物给予重新的评价，提出了许多惊世骇俗的见解。如称秦始皇为“千古一帝”，称陈胜为“古所未有”之“匹夫首倡”，赞扬卓文君与司马相如私奔为“忍小耻而就大计”，等等。另外，他还把“童心”作为文艺创作的原动力，作为评文衡艺的标尺，并贯穿着他非圣无法的精神，这些思想显然意味着对思想文化专制权威的否定，在社会上产生了很大影响。