在朱熹哲学中，理与气是密切相关的，理气关系问题构成其理气论的核心。他认为：
第一，理本气末，以理为主。“有是理，便有是气，但理是本。”[143]“以本体言之，则有是理，然后有是气。”[144]本即本体，末即现象。本末关系也就是本体与现象的关系。朱熹又说：“天道流行，发育万物，有理而后有气。虽是一时都有，毕竟以理为主。”[145]“气之所聚，理即在焉，然理终为主。”[146]这是说，从人、物生成的角度来说，理与气虽同时具备，但理是主导方面，而气是服从方面，二者有主次之分。因为理是“生物之本”，气是“生物之具”，故而理气有主次之分。理气的本末、主次关系反映着理气在万物构成中的地位和作用。
第二，理先气后，理生气也。朱熹虽然承认“天下未有无理之气，亦未有无气之理”，坚持理气相即不离，但最终他还是认为，“理与气本无先后之可言，推上去时，却如理在先、气在后相似。”“此本无先后之可言。然必欲推其所从来，则须说先有是理。”[147]从万物构成来说，理气有本末、主次，而无先后。但若“推上去”、“推其所从来”，一直推到世界本原，则必须承认理先气后。在肯定理先气后的基础上，朱熹又进一步提出“理生气”的命题。他说：“太极生阴阳，理生气也。阴阳既生，则太极在其中，理复在气之内也。”[148]这是对周敦颐“太极动而生阳，动极而静；静而生阴，静极复动”思想的发挥。朱熹特别对“生”字作出解释说：“动而生阳，静而生阴，说一生字，便是见其自太极来。”[149]阴阳之气来自太极，即气来自理。所谓“理生气”，就是指气来自理。它也是从本原上讲的，与理先气后的观点相一致。