朱熹与其人性论相联系，对“天理人欲”之辨阐发了他的“存天理，灭人欲”的主张。所谓天理，是指作为最高精神本体的“理”、体现在人身上的伦理道德原则，即“仁义礼智之总名”。所谓人欲，是指违反“天理”的“物欲”、“私欲”。朱熹同意二程道心天理的观点，但不同意二程人心人欲的说法。认为人心不全是人欲，二者不能等同，只有“徇私欲”之心才是人欲。人欲中有合乎天理的“欲”与不合乎天理的“私欲”之分，即朱熹说的：“饮食者，天理也；要求美味，人欲也。”[172]因此，朱熹主张“寡欲”，是一种带有禁欲色彩的节欲主义。在天理与人欲的关系上，朱熹同二程一样，认为天理与人欲是根本对立的。“天理人欲，不容并立。”[173]“人之一心，天理存则人欲亡，人欲胜则天理灭。”[174]但是，朱熹也看到了天理人欲对立中的统一性。“人欲便也是天理里面做出来，虽是人欲，人欲中自有天理。”[175]说明人欲中包含天理的成分、因素。这样，天理人欲自是相即不离，共处于一心之中了。
如上所述，朱熹的哲学思想中闪现着不少辩证的方法。特别是他在总结吸收我国《周易》中“阴阳变化”、邵雍的“一分为二”、二程的“无独必有对”和张载“一物两体”等合理思想的基础上，又明确地提出了“天下的道理，只是一个包两个”的命题，或者直接概括为“一分为二”。但朱熹不同意邵雍那种每层加一倍的“一分为二”方法，而是认为“一个”统一物中，“包含”了“两个”矛盾着的部分，这对邵雍的思想是一个发展。朱熹还用他这种“一个包两个”、“一分为二”的方法，研究了动静、阴阳、寒暑、刚柔、盛衰、昼夜、聚散、消长、生死、屈伸、一两等许多既对立又统一的范畴。并在谈到事物的变化时，用“柔变而趋于刚，是退极而进，刚化而趋于柔，是进极而退。”[176]来说明“物极必反”这一对立转化思想。总之，朱熹的哲学方法论与他的整个哲学体系一起，都充分地表现出了二重的性质。