第二，破除“以药补医”机制，建立可持续的补偿机制。可持续的补偿机制是公立医院实现公益性目标的关键。破除“以药补医”机制要与完善政府补助政策、理顺医疗服务价格、提高医务人员劳动价格有机统一、配套推进。政府是公立医院的举办主体和公益性的责任主体。合理界定政府举办公立医院的适当比例，真正体现政府责任。
第三，改革支付方式，建立科学的医疗支付制度。公立医院改革要与医保体系有效衔接和协同发展。支付制度是推动分级诊疗，影响医院和个人行为的最重要因素。在实现医保付费总额控制的同时，加快推进以按人头、按病种付费等为主要内涵的支付方式改革，科学确定付费标准，建立医保机构和医疗机构之间谈判协商机制和风险分担机制，加强医保机构对医疗服务行为的监督和制约。