嘉靖皇帝即位的特殊性决定了嘉靖时期革新能以全面整顿吏治、清理官僚队伍为核心，最大限度地扫除明代百余年来的积弊，激发统治阶层的活力。嘉靖革新的内容主要有：整肃科举，以确保选举的良性发展；倡行三途并用，以激励士气；整顿学政，以强化学校的教育功能；打破重内轻外的观念，以激发地方官的进取之心；整饬言路，以实现对百官的有效监督；清除翰林院积弊，以提高内阁大学士的行政能力；裁革冗滥，以减轻财政负担；限革庄田，以遏制土地兼并狂潮；推行“一条鞭法”，以减轻民众负担。
初步改革
隆庆三年（1569），高拱复出，其后任内阁首辅。张居正任重要阁员时期又继续大举整饬吏治、加强边防、整饬司法刑狱、兴修水利、推行海运、改革中央和地方军政人事制度，重点推行清丈土地和实行“一条鞭法”、恤商惠商等多种政策方略，并且立竿见影地取得过较好的成果。
张居正一向注意观察和思考社会现实中的诸多难题，悉心探究历代盛衰兴亡的经验教训。他曾于隆庆二年（1568）向隆庆皇帝上了一封《陈六事疏》，试图革除嘉靖以来的各种弊端。张居正提出的改革主张主要有“省议论”（禁绝空言，讲究实际）；“振纲纪”（整肃风纪，严明法律）；“重诏令”（令行禁止，提高效率）；“核名实”（严明考课，选拔人才）；“固邦本”（轻徭薄赋，安抚民众）；“饬武备”（训练军队，严守边防）等。