陈立夫没想到孙科会突然改变立场，等他知道消息的时候，孙科已经离开了。可尽管如此，陈立夫还是在暗中拆李宗仁的台，就例如他控制的国民党中央党部，任凭李宗仁如何要求，他也都不将其搬回南京。
1949年4月，中国人民解放军解放了南京，国民政府只得搬到了广州。1949年10月，中国人民解放军解放了广州，国民政府搬到了重庆。1949年12月，中国人民解放军又解放了重庆，国民政府又搬到了成都。这时候的陈立夫也来到了成都，他此行的目的就只有一个，那就是稳定军心，尤其是他手下的那帮CC系特务。
“只要拖到第三次世界大战，党国就可以复兴！”
这句话就是陈立夫对CC系特务们的许诺，可CC系的特务们谁都知道这根本就是一句空话，于是特务们都要求陈立夫把他们安排到台湾去。
陈立夫没有答理特务们的要求，而是慌乱地登上飞机跑路去了台湾。这时候的川军都已经起义了，他要是再不跑，一准得被抓成俘虏。
到了台湾后，陈立夫和陈果夫还有父亲陈其业都住在台中市。这时候的小岛上到处都是惊恐、彷徨、混乱的气氛，所有人都在为房子和粮食疯狂。幸亏陈果夫先行一步来了台湾，不然这陈立夫就连个落脚的地方都没有了。
1950年，蒋介石宣布复职。只可惜，这时候的蒋大总统只能管辖一个台岛了。尽管是这样，蒋介石也开始了执政，他复职后的第一件事就是更换各职位的人选。