随着人口锐减，百工衙组织急剧萎缩，其规模大不如前，并且以修建新封各王的府邸为主，供应军需的职能大为弱化，大片菜园荒芜便是例证。富礼赐曾在城外见到一群搬运废墟中砖瓦入城盖官邸的劳工。据他描述，这群人处在士兵的监视下，“绷着脸默默行走，没有过好日子的希望，除劣质大米外得不到任何工钱。倘若与其交谈，你会发现他们完全被吓坏了，几乎不敢大口喘气，仿佛生命时刻处在危险中，语调低沉而又多疑”[39]。随着局势恶化，南京的军事管制越发严厉。英国传教士杨笃信（G.John）亲见一名村妇因无意中点燃一间小屋而被斩首示众，慨叹“几乎任何一种罪过都被处以死刑，这似乎已成家常便饭”[40]。
商业在后期有过反复，1860年下半年一度解除禁商令。美国传教士花雅各（J.L.Holmes）是年8月来访，发现城内有十分有限的商业，食品匮乏且价格昂贵。[41]随后情况渐趋好转。11月杨笃信牧师来访时，看到城里有数百家店铺开业，商业活跃，整个城市似乎充满蓬勃生气。但出于安全考虑，南京于1861年年初重新推行禁商令，禁止除药品外的一切买卖，改在内城之外开设店铺。同年4月再度来访的杨笃信对此感到失望，认为其后果之一是加剧了贫困和匮乏。[42]南门等几个城门外共设有七条买卖街，仍处在太平军严密控制下，所售物品包括从苏州缴获的东西。据载，“出入城门，俱有火烙印牌，无者即作奸细论。……各伪目妇女俱骑马入市中买物，服饰华极。每入茶肆，但男女不准交谈。街内巡查极多，烟、酒之禁最严”[43]。事实上，后期违令抽鸦片、饮酒在太平军中远不是个别现象，有些官员甚至主动向来访的洋人求购。一些洋商为牟取暴利，也不惜冒险长途贩运鸦片、粮食甚至军火等。美国商人赫德在日记中写道，他们曾在南京以870两白银的价格卖掉半箱鸦片。[44]