补偿机制改革是公立医院运行机制改革的基本前提。推进公立医院补偿机制改革，提高医保基金使用效率，理应成为中国公立医院供方补偿机制改革的基本取向。[20]公立医院的补偿结构主要由医保支付、患者自付与政府补贴组成，公立医院的主要补偿途径是医保支付。改革补偿机制，可适当调整医保支出的结构，提高医疗服务价格、降低药品价格；政府投入作为公立医院的重要补偿来源应得到保障，公立医院因取消药品加成产生的收入缺口应由增加医疗服务价格和政府投入来补偿。
在公立医院改革层面，以破除“以药补医”机制为关键环节，推进医药分开，逐步取消药品加成政策，将公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道改为服务收费和财政补助两个渠道。
4.3.2 严格控制医疗费用过快增长
随着国民经济快速发展，中国卫生总支出持续增长。从2003年的6584.1亿元增长到2012年的27846.84亿元，医疗费用在卫生总支出中所占比例越来越大。第三次全国卫生调查结果显示，医疗服务费用增长速度超过了人均收入增长，医药卫生消费支出已经成为家庭食物、教育支出后的第三大消费。如何有效地抑制医疗费用的过快增长日益成为群众关心的问题。近年来医疗费增长情况参见表4-11。从表4-11可见，门诊次均费用以7%～9%的较高速度增长，2011年以来门诊次均费用与住院人均费用增速放缓，但增幅仍较快。药品收入占医院收入的比重仍然居高不下，门诊药品比例和住院药品比例分别高于50%和40%。