不过于谦威望己经很高,河南、山西的吏民伏阙上书,请求留下于大人,周王、晋王两位藩王也出面让于谦回当地。须知明太宗系藩王造反成功,他深知藩王对中央集权的威胁,大大限制了藩王的权力,藩王也明白参政的敏感性,一般不轻易干政。现在两位藩王甘愿冒政治风险出面干涉于谦的任职,可见人望之高。王振也无奈,只好同意于谦以大理少卿衔巡抚河南、山西。于谦这一干,就又干了十年,在两省巡抚任上一直干了十九年。
正统十三年(1448年),于谦终于升官了,朝廷召其为兵部左侍郎。第二年也先大举入寇,兵部尚书邝埜随明英宗亲征,于谦在兵部主持工作。旋即,土木堡大败,皇帝被俘,大量公卿突然死亡,也先趁机攻向北京,宣府、大同、紫荆关、古北口、密云的守军纷纷溃败,瓦剌数十万大军在北京城下成功会合,包围九门。也先提着明英宗在城下耀武扬威,要城内的人赶紧投降。