不过朱棣对不肯臣服的少数民族，手段十分强硬。他一生好武，对自己的军事才华也十分自信，何况他连皇位都是武力夺得的，自然要用武力镇压不服的部落。朱棣的用武行动中，最重要的就是他5次远征漠北之事。漠北，是指瀚海沙漠群的北部，也就是狭义的塞北之北，位于今天的蒙古高原。它包括外蒙古和贝加尔湖等广大地区，是元朝统治者的老家。洪武元年（1368年），元朝灭亡后，元朝最后一个皇帝——顺帝，就逃往上都（今内蒙古多伦），重新过起了游牧民族的生活。洪武三年（1370年）元顺帝去世后，统治漠北的蒙古贵族内部就逐步发生了分裂，分成了鞑靼、瓦剌和兀良哈三个部落，其中鞑靼实力最强。三个部落不仅内部争战，而且时常侵扰明朝边境。
朱棣对他们依然采用太祖时期的“威德兼施”策略，就是一边与各部落酋长们修好，赐给财物以示安抚；一边积极防御，在秦长城的基础上，东起鸭绿江畔的辽宁虎山，西至祁连山东麓的甘肃嘉峪关，贯穿辽宁、北京、内蒙、甘肃、青海等10个省市，修筑起了著名的明长城。为了抵御蒙古贵族的南下侵略。朱棣还在沿线建立了9个边防重镇，每个镇都配备了精锐部队。